序：

　　东京、渉谷。这里因为连续发生超常现象而被下令封锁，成为了无人市区。曾经在这里还发生过2个组织成员间的战斗。

　　逢魔和森罗。逢魔引发出被称为“穿越”的空间歪曲，打开了超越时空通往异世界的“门”。森罗则致力于阻止这个将世界导向混沌的计划。经过数次拉锯，在完全封锁的渉谷展开了战斗。这场战斗的激烈程度远远超出人们的想象，不过很快就终结了。之后森罗成为了政府直属的特务机关，防范“穿越”扩大的任务落在了第2代特工的身上。

　　特务机关森罗。恶灵、鬼、天狗，自古以来就和危害人间的异界存在持续作战的组织。过去知道这个组织的人非常少，因此他们连续不断与异世界的战斗都隐藏在人们所知的历史之下。随着时代的变化，这个组织的存在变得明确起来，一直到现在。

　　人们难以相信，在自己生活的这个世界以外还存在着其他不同的世界。人们也无法察觉，静悄悄但却真实存在着，有其他世界的人们来到这个世界。同样也无法知晓，从来没有交集的世界间突然交汇时将会要发生什么。

　　经过数次战斗后，暂时回归平稳的世界突然出现了金色锁链。这或许是来自异世界的信息，不过在当时谁也无法确定。从过去延续到现在的战斗就要迎来了新的局面。

　　时间来到了现在。东京、六本木。这里是特务机关森罗的总部，连续发生强烈的连接不同次元和不同时空“穿越”的市区。在过去的某一天，森罗特工的战斗自从那一天就开始发生变化。全新的故事，就从这里开始了……

剧情：

　　零児来到了六本木总部所在地，现在时空出现不稳定，穿越现象也开始发生。小牟姗姗来迟，接下来他们该干活了，零児的牢骚越来越像他父亲正護。给零児他们的指示是来这里调查出现的怪物，然后前往涉谷和BSAA的人会合，来的应该还是クリス和ジル。这次和零児他们一起行动的还有一个博士，不过她正在摆弄新武器还没过来。就在这时出现在他们面前的是未见过的怪物，看起来是逢魔的手下，不管怎么说接近看看。

プロローグ1 特務機関・森羅

胜利条件：

• 敌全灭

失败条件：

• 零児&小牟无法行动

我方初期配置：

零児&小牟

敌方初期配置：

剧情：

　　出现的怪物并没有行动的意思，看起来很容易就能解决，从正面以外下手就很容易造成伤害了。

敌方增援1：初期敌人全灭

剧情：

　　然而消灭掉出现的一只怪物后又出现了一只相同的怪物，防御的任务就交给零児，总之还是得尽快解决。

敌方增援2：敌方增援1出现后敌人全灭

剧情：

　　消灭了这个敌人后似乎掉出了什么东西，看来可以加以利用。敌人的目的看起来是要拖延时间，博士那么长时间没来或许也是受到敌人影响了，赶快用必杀解决才是。

敌方增援3：敌方增援2出现后敌人全灭

剧情：

　　这次消灭敌人后终于没有再感觉到敌人的气息。

　　敌人出现在这里莫非是想要阻止森罗出手？直到这时候裏嶋博士才开着巨大的车辆过来。这辆巨大的车辆就是装备课的全地形特殊车辆龙龟一号，可以搭乘50名队员。裏嶋来迟也是因为这辆太大，能走的地方有限。因为这次要和BSAA合作，所以裏嶋搞出那么大动静。总之现在搭乘这辆车去涉谷，真不知道会被笑话成什么样，漫长的战斗看来是开始了。

战术说明：

　　开始还是有操作说明，熟悉的话就不用看了。第2回合会说明侧面和背后攻击会更有效。消灭初期敌人后新敌人立刻出现，强制移动到零児&小牟背后，接下来是防御的说明。再消灭敌人后又有一只敌人出现在前面一点的位置，干掉它零児&小牟也升级了，这只敌人固定掉东西，接下来是解说使用物品和技能，同时在喷水池这里再出现一只一样的敌人，我方XP全满，接着就是对于必杀技的解说，这只敌人是会移动的。