战斗前：
奥布联合酋长国近海 小岛
卡嘉莉将自己佩戴的赫梅亚守护石送给了阿斯兰，她再也不希望任何人死去。而阿斯兰则由于消灭了强袭而被升进到了国防委员会直属的特务部队。立刻要回到PLANT，接受新的任务。而伊扎克则马上要去参加在巴拿马的Operation·Spitbreak。
伊扎克：“…下次要让你成为我的部下”
阿斯兰：“哎…”
伊扎克：“到那天为止可不许死了”
阿斯兰：“知道了”

阿拉斯加 地球联邦军总部
一矢被三轮拷打，自然是不可能有任何东西能够“供”出来。而一度被逮捕的三轮到底是怎么得到现在这样的权利的？
米莉还是没有从两人的死中恢复过来。而大家现在不禁怀疑，更因战争的时候，错误的到底是自己，还是柯特罗上尉呢；现在终于能够明白，当时柯特罗上尉对人类到底有多么绝望。
阿拉德：“好，好饿啊…饿死我啦…”
塞奥拉：“烦到现在了！你就给我忍耐一下嘛！”
阿拉德：“但、但是…一天只有两顿饭吃”
塞奥拉：“有饭给你吃就已经谢天谢地了啊！”
阿拉德：“可是嘛…就只有那么一丁点…”
塞奥拉：“别说得像个小孩子一样！大家都在忍耐啊！”
阿拉德：“好、好嘛～”
一平：“…塞奥拉就算了，阿拉德好像很受不了的样子呢”
雅人：“嗯，平时都吃那么多的嘛”
格弗雷：“………阿拉德，给你吃”
阿拉德：“哎？”
格弗雷：“刚才的面包还有剩下”
塞奥拉：“但是，那样的话你就…”
格弗雷：“看起来…我好像有受过这方面的训练。所以，几乎不怎么饿”
阿拉德：“可、可以吗？”
格弗雷：“啊啊。不过作为交换，你要安静些。无端消耗体力的话在有什么万一的时候可是会很麻烦的”
阿拉德：“明白了。抱歉，格弗雷。但是，你的好意我心领了”
格弗雷：“…是吗”
阿拉德：“塞奥拉说得没错，肚子饿的也不是只有我一个”
其实，在这里的大家都应算好了。阿姆罗，美里，布莱德等人者数日间都在被连续审查。伊格尔长官和冈长官也一样。不过，将捕获ZAFT机师偷偷送入拉·凯拉姆并报上伤兵名单，把暴风拆散混在其他部件中的布莱德他们似乎有什么别的考虑。现在能做的，只有等待。
三轮完全无视布莱德等人的意见和摆在面前的事实。而从他在电话中对“理事”的尊敬程度来看，这个男人已经完全变成了“蓝波斯菊”的一员。卫星轨道上ZAFT开始了降下行动，αnumbers在监视下进入了第二战斗配制。而大天使号则等待着部队转属——穆，芭基露露，芙蕾的转任命令已经下达。
冈长官放出了被单独囚禁拷打的一矢，准备自己承担全部责任。

战术：
初期杂兵比较容易对付，幽灵机小队虽然命中、回避高，但是攻击力很低，而且没有全体攻击武器，只需要派超级系机体使用必中即可对付。
全灭初期敌人后，大天使号出现，敌援军出现在上方，可派出强力地图兵器的机体（推荐WINGZERO）前往赚取大量金钱。
敌援军1剩余3小队以下（含3小队）时会发生剧情，得知基地即将自爆的消息。
全灭援军1后，扎夫特（敌援军2）部队登场，剧情后キラ驾驶自由高达登场，同时地图北侧出现MD部队增援（敌援军3）。此时的胜利条件变为击破MD部队，让扎夫特军从地图北侧撤离。
MD部队出现位置比较密集，正好可以安排我方机体使用地图炮攻击（可派WINGZERO、ZZ高达、大天使号、ラ－·カイラム分别站在4个军团附近准备攻击）。
击破3支MD队后，发生剧情，希罗前往地图东北角，万丈驾驶泰坦3号登场。同时，从MD部队登场的次回合，我方基地会进行援护射击，每次可削减1小队敌人一半HP。

战斗中：
联邦的主力部队正开往巴拿马，因为那里的Massdriver正是重点保护对象。可ZAFT的目标却是这里——联邦军总部阿拉斯加。
阿兹拉埃尔，蓝波斯菊的盟主。他居然想要杀掉莉莉娜并宣称是ZAFT干的以次来煽动世人的情绪，完全消灭调整人！危急时刻……破岚万丈出现了！将指挥权交给冈和伊格尔的阿兹拉埃尔逃出了总部基地。留下了αnumbers、大天使号，和那些所有对他来说是“妨碍者”的人。
扎拉新议长几乎出动了全部兵力，而只要在这里将ZAFT的战力削减的话很有可能就能中止和PLANT之间的战争。大家决定拼死防守，等待巴拿马援军的到来。

独眼巨人系统！阿拉斯加的基地地下居然有这样恐怖的东西存在！阿兹拉埃尔想要把ZAFT和所有阻碍他的人一同消灭！巴拿马的援军从一开始就是骗局，一切都是为了让αnumbers留下作为吸引ZAFT的诱饵！冈长官抗下了所有责任让全部人员撤退，在突然出现的MD面前出现的是驾驶自由高达复活的基拉！明白事情不妙的伊扎克也命令他的部队撤退。但更多的ZAFT兵降下，完全不把这边的警告当回事。终于，独眼巨人系统启动了……而冈长官还在基地中…
惠：“不要！！父亲大人…父亲大人！！”
冈：“快走，惠。别让我的努力白费”
惠：“可是…可是！！”
冈：“就算我死了，意志还留在你和αnumbers之中。这样就够了。拜托了，惠。还有αnumbers的各位…以后就看你们的了”
惠：“爸爸！！！！！”
冈：“没能阻止这毫无意义的战争和他们的专横，我们也有责任。拥有勇气的孩子们啊。这星球的明天…以及人类的未来就拜托了”

战斗后：
北美大陆 西海岸
基拉回来了，在PLANT的两周让这个少年产生了很大的变化。而现在的αnumbers已经被当成了叛党，眼前最大的问题就是维修和补给。这时，维蕾塔说出了一个地方——泰斯拉·拉维研究所。