地球圈中联邦和ジオン的战争还在持续，然而地球还面对来自インベーダー和机械化帝国的威胁，因此人类必须要团结一致才能应对敌人。于是コネクト·フォース的存在感增强，协助コネクト的人也在增加，但是联邦和ジオン还是没有达成停战。

　　不过出于全力探查ミューカス的需要，对于コネクト的活动减少阻力。由此产生的成果就是在南极成功发现了ミューカス门的反应。很快附近的联邦设施人员就去紧急避难，并派遣コネクト·フォース前往那里。

　　ミューカス门的反应判断是成长型，战斗可能会对周围地区产生破坏。结果在コネクト·フォース到达以前那一区域已经成为了无人地带。可是趁着这个空白时间，首先进入那里的部队却是……

　　キシリア和シャア在这里等待与コネクト·フォース接触，不过先来的是ゼクス和ブシドー，ゼクス他们向キシリア转移了物资。

（ザンジバル/机库）

　　ゼクス和ブシドー的势力因为ヒイロ和刹那的活动损失严重，所以才选择协助ジオン，但他们现在会面的目的是消灭联邦内部的阴谋者。

　　正在这时候ヒイロ出现了，ゼクス立刻就出去要和他一战，其他人则和ザンジバル一起后退去等待コネクト·フォース的到来。在コネクト·フォース来到前，ゼクス和ヒイロ要做个了断。

　　正在他们交战的时候，コネクト·フォース来到了，两人都被叫上ホワイトベース，现在有更重要的问题去处理。果然在这里地下发现了ミューカス反应，随后巨大的ミューカス门就出现了，接着大大小小的ミューカス大量布置在这一区域。看到这一景象ゼクス也同意放下人类间的成见，与我方一同作战。

　　很快在大家协力下ミューカス门被破坏，コネクト·フォース随后也跟ザンジバル会合。

　　キシリア方面愿意和コネクト·フォース方面合作，他们的目标是消灭联邦内部的阴谋，虽然理念不同，但是对于外敌都是一致反对的。虽然联邦内部逮捕了ジャミトフ，但是新军阀还会产生，コネクト·フォース也要小心。

（ホワイトベース/机库）

　　现在连ジオン的人也开始协助コネクト，总之事情在向好的方向发展。

（ホワイトベース/机库通道）

　　シャア上船后见到了アムロ，之后セイラ把他叫了回去，以后他们还会在战场上见面的。

（ホワイトベース/通道）

　　ブシドー则要ヒイロ代外转告刹那，当他的机体完成后他就将向刹那挑战，而ゼクス也把和ヒイロ的决胜留到了往后。

　　キシリア返回グラナダ，虽然デギン在想法与联邦和谈，但是现在大权在ギレン手上，他不会放过现在拥有宇宙优势的机会，如果停战以后就将无法再度挑战联邦，为此キシリア也做了准备。

　　在南极发现的成长型ミューカス门证明ミューカス一直在暗中入侵地球。但コネクト·フォース的活动范围并没有因此而扩大，联邦和ジオン停战的基础还很薄弱。联邦军为了能在和ジオン的停战谈判中处于有利的地位，认为必须要有战略上的决定性胜利。

　　另一边，キシリア组织中的オルトル部队在地下与コネクト·フォース进行了接触，其中トールギス还独自参加了消灭ミューカス的行动。这个秘密部队还有因卷入联邦内部纷争而被排挤的人员，他们因为同一个目的而超越组织的壁障聚集在一起，是近似于コネクト·フォース的存在。无论如何キリシア组建这支部队的意图还并没有想到将来与联邦停战之后那么远。