宇宙方面联邦军和ジオン军的战争随着ソロモン的陷落进入了新阶段。另一边，中立地带的日本有一大问题开始浮出水面。建设在东京湾的巨大海上平台通称“方舟”，突然被大群的失控レイバー所占领。コネクト认为レイバー失控的原因并非是HOS引起的，请求投入コネクト·フォース来解决。生怕バビロン计划受到挫折，日本政府拒绝了コネクト·フォース的介入。于是采取将方舟封锁，消极等待事态自己进行下去的方针。

　　可是コネクト经过探测发现方舟内部确认有ミューカス门的反应，这样日本政府就再没有理由拒绝。之后，コネクト·フォース出动去收拾事态，确立尽可能减少对方舟设施损害的作战方案，很快就进入作战实行前最终调整阶段。

（コネクト空间站/作战会议室）

　　目前方舟上的レイバー数量太多，日本政府已经没有办法了，并且有可能机械化兽已经控制了那里。此外方舟内部也有生产工厂，那很可能就是机械化帝国搞的。机械化帝国在将他们自己造的レイバー替换掉人们平时使用的，之前被我方破坏的レイバー大多是这种情况，这样他们就可以神不知鬼不觉的逐渐占据整个地球。我方已经确定了敌人的中枢和ミューカス门的存在位置，大家准备分路突进。首先进入开通道路的就是AT部队和第2小队，ミューカス门则由エグザート处理，ゴウザウラー来对付最后的敌人。

　　第2小队方面顺利进入了方舟内部，但是敌人很快就将他们包围，这果然是个陷阱，要对付后面出现的追兵必须要控制前面的路口。

　　然而就在前进路上出现了新型的パトレイバー零式，这个在开发中的新机体很难对付，一定要小心对付。接着好不容易控制了路口，马上又有大批敌人出现了。即使这样，我方这些队员还是全力确保同胞让大部队得以通过。

　　和コネクト·フォース预测的一样，方舟已经被机械化帝国所占领。为确保突入通道，先前部队从支援部队那里获得了补给，接下来要守住控制区域。另一边，后续部队开始向ミューカス门和平台中枢袭击，向方舟深处进攻。