结束在ドキドキスペース任务的コネクト·フォース飞往了Zi星所在的星系。那里ミューカス的活动比以前更为活跃，但目前还不知道原因。在星系内的卫星和小行星上发现有许多スリーパーゾイド，由于防守Zi星的防卫军没有宇宙部队，所以由コネクト·フォース来进行调查。

　　我方来到了Zi星的卫星上，在这里大家遇到了无人スリーパーゾイド，对面首先向我方哪个发动了攻击，我方迎战。就在交战中，周围突然出现了ミューカス反应，在这里出现了ミューカス门，スリーパーゾイド原来是通过这个来到宇宙的。最后虽然消灭了敌人，但是ゾイド和ミューカス搞在一起并不是好事，背后或许是有什么人在搞鬼，我方于是决定带个样本回去，而フィーネ感到Zi星将要面临大灾难。

　　コネクト·フォース消灭了在星系内发现的スリーパーゾイド，并带回了敌人的样本返回了Zi星。战斗数据分析完后，发现スリーパーゾイド组织进行战斗的原因，果然是有人为操作的关系，和フィーネ的推断一致。但是从回收的样本里还是密友查明敌人的真相。这个神秘的势力使用ミューカス门将ゾイド送到宇宙里，这说明事态的范围并不仅限在Zi星。