经过マクロス·クォーター的奋战打通了进攻机械化城的道路，以ターナ为母舰的攻击部队开始向机械化帝国的心脏部位出击。ザウラーズ的宿敌机械神的身影还未出现，但是越靠近机械化城越能感受到决战临近的紧迫感，与机械化帝国长期的较量终于要迎来最终局面了……

　　我方突击部队找到了机械化城和巨大ミューカス门，而后机械神指挥他的部队出现了。可就在大家破坏ミューカス门的时候，大量能量从机械城注如入，最后虽然在大家的努力将ミューカス门破坏了，然而机械神却从下面钻出来，与机械神的决战再度开始。

　　机械神通过HOS事件从コネクト知道了レコーラル银河的存在，那里正是ミューカス的据点，他要征服那里，从而利用ミューカス在全宇宙执行钢铁的秩序。就在听到这个后ヴァサージ有了反应，他警告机械神不要接触ミューカス的核心。不管如何，否定内心的机械神必须要先过了我方这一关，接着机械神派出了被他所控制的地球的机体。但是这也无法改变大家的信念，最终机械神再度被击败，但是他还不服输，又集中了所有机械化帝国的力量。现在他的力量已经超出我方能观测的范围，然而也正是这个时机可以一击消灭机械化帝国，4台エルドラン机体一起发挥出心的全部力量，机械神连同机械化帝国一起被消灭了。随着机械神的被消灭，周围的所有敌人也都消失了，大家胜利返回。

　　コネクト·フォース与机械神的决战胜利后，机械化帝国就被消灭了。可是ミューカス的威胁还没有消除，机械神对于レコーラル银河的觊觎对コネクト来说具有重大意义。容易支配ミューカス的势力还有许多，拥有和人类不同能力的势力具有拿下レコーラル银河的可能性，机械神就是一个例子。长期计划中的对应ミューカス的反攻计划的根基因为这个无法回避的情况而被倾覆。如果可以和ISTO达成协助体制，那么人类可以实现排除其他敌对势力。对ミューカス的反攻作战必须要跳跃式前进，一刻都不能迟缓。