コネクト·フォース的剑锋终于抵达了ジェネシス的心脏部位，动员数百万的舰支的反攻作战的最后箭矢就是マクロス·クォーター。现在，人类赌上未来的最终决战开始了。

　　我方到达了核心的所在，这就是ミューカス失控的源头所在。此时大量的ミューカス阻挡在我方哪个面前，而后核心也动了起来，大家将它命名为ミューカス·エンペラー，最后的作战就是要消灭它。

　　在给核心造成伤害后，核心就爆炸了起来。此时セイシロウ和シモン他们也赶了过来参战。但是核心能量接着就直线上升，马上就再生了。好在外壳的部队发来通讯，他们正一齐对外壳发动攻击，ミューカス·エンペラー再生于是变缓了。

　　趁着这个机会大家击破了ミューカス·エンペラー，ヒマリ和ヴァサージ上去与它进行了接触，结果发现这并不是真正的ミューカス·エンペラー姿态，随后强大的空间冲击波发来，我方立刻后撤躲过了冲击波。ミューカス·エンペラ此时拔地而起，那正是人类把自己埋入レコーラル的形态，这一切的元凶还是人类。只有要打倒它，这场战争才能画上句号，最后的突击开始了。

　　ミューカス·エンペラー实在是太难对付，不过在大家的攻击下，外面的ミューカス阵势明显弱了下来，大家还要努力。在大家的攻击下，外壳的敌人已经开始衰弱，必须要在它回复前将其完全消灭。

　　最终ミューカス·エンペラー被击破，之后マクロス·クォーター将使用マクロスアタック将其完全破坏，我方全员撤回母舰。之后核心终于暴露在大家的面前，エグザート使用紫电太刀将打开了通道，ヴァサージ通过这个口子连接上来核心。ミューカス·エンペラー一下子沉寂下来，ジェネシス的能量急速下降，但是ヴァサージ却失去了踪影，他与核心融合了。エグザート随后跑了出来，此时ヒマリ看见了核心中的悲惨的历史记忆。接着外面的同伴发来通讯，ジェネシス整体开始坏死，周围的ミューカス也逐一失去了活性，作战成功了！我方随后开始向集结地点转移，而ミューカス将恢复到之前レコーラル的形态，将重新孕育这个银河的新生命。

　　ミューカス·ジェネシス的崩坏开始了，将全宇宙卷入的与ミューカス的战斗开始终结。コネクト·フォース将继续活跃在与残存ミューカス的对话，但是下次委托的组织组成将发生变化。并且コネクト·フォース的主要成员逐一要离开了。

　　ホワイトベース队回归了军队，アムロ他们都希望这次的大战可以让人类走向统一。目前他们将前往ジャブロー，之后再对人员做出安排。

（ホワイトベース/通道）

　　以后アムロ他们将更多的执行救援任务，不过カイ他们都有其他打算。

（ホワイトベース/机库）

　　第08MS小队也要解散了，不过大家因为战绩都获得了晋升。不过シロー要回地球去找アイナ，然后离开军队。

（宇宙殖民卫星/シャングリラ）

　　ジュドー回去见到了妹妹リィナ，他还要继续接受任务来获得报酬，跟プル一起参加了木星船团，在医院的プルツー就要拜托リィナ来照顾了。

（宇宙殖民卫星/グリーンノア）

　　カミーユ和クワトロ依然在执行殖民卫星方面的任务。

（グリーンノア/重力模块）

　　カミーユ他们现在都加入了プリベンター，这里还有ゼクス和ブシドー，大家都在为根除战争而努力。

（SIDE6/リボー）

　　バーニィ和クリス又回到了这里，他们见到了アル，3个人将一起生活下去。

（コネクト空间站/火星宙域）

　　ヒイロ和刹那将独自去执行新的任务，他们与ヒマリ和セイシロウ告了别。

（コネクト空间站/地球圈）

　　キラ和アスラン也要为了殖民卫星去进行新的任务，来防止战争再度兴起，他们与留下的シン告了别。

（某个宇宙的奥东京市/日向家）

　　ケロロ和夏美他们终于回到了自己的家中，可是他们竟然只离开了1天，这异世界的旅行真是漫长而又短暂。

（コネクト空间站/火星宙域）

　　竜馬一行又要去时间的缝隙里战斗，地球的未来还是交给號他们了，人类将按照自己的意志进化下去。

（ドキドキスペース/パフリシア王国）

　　アデュー他们回到了城堡，在他们离开的这段时间里全靠其他リュー使守卫住了アースティア，现在他们也要去出一份力了。

（ドキドキスペース/アララ国）

　　セイシロウ和ヒマリ来这里看望，并且告知国王ヨッコーラ三世コネクト·フォース将从这里撤出了。在来到这里他们先去了コオリンランド去调查ミューカス的行动，结果遇上了零下50度的大严寒，ヒマリ因为接触了ミューカス的缘故似乎不大怕冷了。很快就到了他们要回去的时候，不过回去的路线还是コオリンランド。

　　セイシロウ他们走后ラムネス也要再次回去了，他还是利用转移装置离开，不过相信以后还会遇到他的。

（センドラル·コネクト空间站）

　　セイシロウ他们回去后向与达成ISTO和平的关键人物エイジ道谢，以后グラドス将走上和平的道路，而エイジ将回到刻印之星继续为和平努力。

　　グラドス人和地球人的混血儿アルバトロ·ナル·エイジ·アスカ回去了刻印之星，之后エイジ将继续为グラドス人与刻印之星、以及地球之间搭建桥梁。

（センドラル·コネクト空间站）

　　真吾他们也要离开了，他们将继续ビムラー的引导而在其他世界遨游。不过此时セイシロウ和ヒマリ来通知他们コネクト将举行夏季休假，但是他们还是要离开了。

（几天后……）

　　真吾他们很快就失去了踪影，可见又是前往了其他的宇宙，这都是ビムラー的引导。不过在大家去玩前，兽战机队也要先回去了进行特训。

（マクロス·クォーター/舰桥）

　　マクロス·クォーター一行也要回去了，解决这次的问题，跳跃门的活跃性也降低了。ミューカス失去活性的影响还在宇宙里扩散，因此并不能掉以轻心，コネクト·フォース的行动还是很有必要的。不过マクロス·クォーター还是要先回フロンティア星系，而アルト他们还将继续任务。

（マクロス·クォーター/会议室）

　　シェリル和ランカ要回去フロンティア星系，不过他们的歌声依然会传到アルト那里。

（陽昇学园/教室）

　　仁他们回到日常学习中，今天エルドラン小队的其他人员也被请到这里来补课，此时シモン他们倒是先来了。

　　很快拳一、虎太郎、モモタロウ他们也纷纷来到，在学习之外，还有更丰富的日常生活在等着他们。不过还有1天シモン他们就要回去了……

　　シモン他们也参加了夏季祭典，这将是他们回去前难忘的经历，小学生们也不会忘了カミナ这位大哥的，ヨーコ也定下当老师的志愿。

（マクロス·クォーター/舰内）

　　已经可以看见调和之门了，就要和这个世界告别了，而回去后他们还要跟ヴィラル和兽人们战斗，但是カミナ坚信グレン团一定可以改变他们的世界。

（ミズン星/首都ロジーナ）

　　ダバ辞去了ペンタゴナ议会的议长职务，他义妹オリビー的神志还不清醒，所以ダバ决定去一个安静的村子照顾她，这里的复兴事务就交给レッシイ他们了。

（コネクト空间站/ペンタゴナ星系）

　　ゼロ他们也要准备回去了，为了解放日本他们还要作战，而スザク也会来阻止他们，在回去之前他们会经过Zi星。

（Zi星/荒野）

　　レイヴン带着シャドー踏上自己的旅途……

（防卫军基地/机库）

　　リノン和ナオミ参加了不同ゾイド大会的队伍，不过バン则留在防卫军，他还有很多事情要做。

（ウルトラザウルス/舰桥）

　　为了运东西，ムンベイ擅自开出了ウルトラザウルス。这么个大家伙有这个用处也是好的，ルイーズ总统同意了这种做法，还可以帮助世界各地的复兴。

（防卫军基地/训练基地）

　　アーバイン也受不了拘束，离开了防卫军，他将去当抓捕盗贼的赏金猎人。而ルージ将和バン一起磨练自己的技能，在シュバルツ的训练下变得更强。不过バン要和他一起去一次ルージ保卫的ミロード村。

（防卫军基地/宇宙港）

　　フィーネ作为ディ博士的助手在帮助调查ゾイド遗迹，现在他们和ゼロ等人告了别，不过在离开前他们的KMF都被破坏，回去后还是造新的好了。

（コネクト空间站/谈话室）

　　コネクト·フォース一下子冷清了下来，不过现在和平了就是好。不过在广大的宇宙里ミューカス也许会发生其他的变异，因此コネクト·フォース还不能完全解体，为了将来他们还要培育下一代。然而他们的下一个任务地将是地球，随便将离开コネクト·フォース的成员送回去，而且他们就可以长期休假了可以约会了。不过セイシロウ已经和ドモン约好了，但是ヒマリ也叫了レイン，这样他们就可以一起出去了。

（后天……コネクト空间站/通讯室）

　　结果ドモン去了其他地方修行，不过因为ヒマリ的请求他能够和レイン见面，而セイシロウ还是和ヒマリ约会去吧。

（コネクト空间站/地球圈）

　　剣也要回去日本了，在离开前他还是想掀ヒマリ的裙子，但依然被セイシロウ抓住了。此外リュウ·ドルク则一个人不知去向。

（八神冴子的别墅）

　　まい和ゆい都在等着剣回来……

（コネクト空间站/机库）

　　後藤在离开前宣布逮捕内海，虽然在前往日本前可以控制他，但是要真正抓住这个人还是不可能的。

（コネクト空间站/通道）

　　内海就要离开了，不过他让バド和グリフォン一起留在コネクト·フォース。

（コネクト空间站/谈话室）

　　第2小队就要回到日常警务中来了，不过香貫花要回去纽约。虽然离开了コネクト的经费支持，但是シゲ偷偷留了大量材料，可以供第2小队战上10年，但是换了机种后最多也只能使用一半。

（几天后……）

　　第2小队抓到了名为地球防卫军的レイバー，又是忙碌的一天。

（日本国/东京）

　　ショウ虽然回去看过了，但是他决定回到バイストン·ウェル，将ヒルバイン送还给シーラ。

（コネクト空间站/ギルガメス领域）

　　キリコ决定前往クメン，他获得了那个人的情报……

（コネクト空间站/通道）

　　キリコ又不告而别，バニラ和ココナ从ゴウト那里得知他去找那个素体フィアナ，而他们也将去找キリコ。

（コネクト空间站/机库）

　　グレゴルー和バーコフ他们在军方记录里都被记录为死亡，他们决定留在コネクト·フォース中。

（ギルガメス情报部/执行室）

　　ロッチナ得到了キリコ前往クメン的情报，他的命运已经和キリコ交织在一起了……

（コネクト空间站/机库）

　　エグザート又要去执行任务了，最近ミューカス的声音的确是弱了不少，ヒマリ听到的也冷清不少。然而还没当他们出发去日本，警报响起，又有敌人出现了，エグザート出击！