战前剧情

？？？

　　加藤当年被老师嘱托身后事，随后老师就被杀了……

シャングリラ/舰桥

　　加藤从梦中惊醒，此时マサキ来报告说ユリアンヌ的事情，呂布与貂蝉也失去了下落。加藤知道呂布只是在寻在他的归宿，呂布无法在战场直面死亡，这是他的悲哀。

　　ホウジョウ军在推进派的引介下来见加藤，コドール和ショット表示要协助加藤机关，要求只是在征服世界后统治日本。这一决定是背着サコミズ作出的，但是加藤接受了。接下来加藤就准备再次去面见城崎天児。

JUDA/医务室

　　大家没有放弃咲良，于是真壁司令让弓子带着咲良一起回到岛上，不过剣司并没有同行。现在ファフナー两机无人驾驶，カノンー机又大破，ラインバレル又无法开动，战斗力下降不少。按照レイチェル博士的分析，黑色的ラインバレル是反纳米机械的发动。城崎天児的意志依然没有忘记保护自己的女儿，或许浩一应早一点回来。

JUDA/机库

　　カノン能捡回一条命已经是非常幸运了，机体已经没办法修复，于是大家提出让她去驾驶咲良的机体，但是这就必须要移植ファフナー的因子。一騎他们在出生前就已经被移植，因此カノン现在要移植风险太大。此外浩一现在也不肯出击，或许只有让道明寺说服他。

大田区/公园

　　浩一和矢島扭打在一起，但是道明寺认为不要去阻止他们，这也是一种感情的宣泄。浩一还是想当正义的伙伴，但是矢島说从现在开始将由他来保护浩一。

JUDA/休息室

　　打完架后浩一和矢島的心情都好了不少，自己的事情要自己决定，而城崎天児又做了怎样的决定？或许其中已经有了浩一的正义在里面了，想到这里浩一拉着城崎前往ラインバレル那里。但此时警报响起，加藤机关主动杀来了，不过矢島让浩一放心去找答案，这里的事情就交给大家了。而看到这一切，カノン也下了决心……

JUDA/通道

　　カノン决心要回到战场，和大家一起战斗……

战斗剧情

　　マサキ带队来攻击JUDA总部，目的是夺取ラインバレル，但是他们竟然不是选择破坏而是夺取，森次觉得这很奇怪，难道目标还是城崎天児吗？接着ホウジョウ军也杀了出来，ラインバレル是解开所有秘密的关键，大家必须坚守住这里。

JUDA/医务室

　　カノン主动来要求注射フェストゥム因子，以前道生和她说过这个可以免疫核心的毒素，此时她掏出枪指着弓子……

　　就在激战中，突然加藤亲自带着一队部队杀来，シャングリラ的炮击严重破坏JUDA总部……

JUDA/医务室

　　カノン坚持要移植フェストゥム因子，此时翔子过来，她支持カノン这么做，这是カノン对于自己命运的选择……

　　加藤已经要冲进JUDA总部了，就在这时候他们突然受到攻击，カノン驾驶咲良的机体和翔子一起出手将加藤压制了回去。此时石神告诉他，这就是选择“看到未来”和“开创未来”的差别，随后石神请求大家击退加藤。

　　ホウジョウ军先失败了，在サコミズ的指示下全军撤退，他与加藤机关的接触又是为了什么？加藤一心想要破坏ラインバレル，似乎这样就能拯救未来，此时浩一驾驶ラインバレル出现，他说城崎天児已经将机体嘱托给他，现在城崎天児已经死了。加藤并不相信，上前与浩一交战，但是浩一已经掌控了反纳米机械，他主动发动了オーバーライド。这是浩一用自己的意志来掌握命运，加藤还不敢相信这样就可以拯救人类，但此时真田让他赶快撤退，他只好先离开了。

战后剧情

JUDA/社长室

　　现在推进派还会再采取行动，首先是以火星开拓局为背景的联邦军再编计划要开始了，指挥着加藤机关和ホウジョウ军的推进派到底是什么来头……

纽约/ルーベンス财团总部

　　ルーベンス知道了ラインバレル已经进入了下一个阶段，推进派在暗中注视着一切，现在就算是他们的原型城崎天児已死事件仍要推进下去……

JUDA/社长室

　　推进派的真面目就是城崎天児的克隆体，而管理他们的人就是加藤，推进派是城崎天児给予加藤的遗产，加藤通过他们操纵着世界来选择未来。火星开拓局的介入、フロンティア船团和AEU结盟、控制ユニオン军的中枢，这些都是推进派所为，消灭一切偶然来决定未来。现在浩一已经完成了选择，这里的任务就要结束，石神已经让普通职员转职，JUDA基本已经解散，现在石神和剩余人员转入UX活动。

JUDA/医务室

　　カノン的移植非常成功，此时大家都被叫去社长室，石神有重要宣布……

JUDA/社长室

　　现在这种情况加藤肯定要对JUDA下手，于是这边先一步解散JUDA，为UX消除外在压力。之后スカーレット也宣布脱离WSO，他们スカルフォース也转属UX。由于フロンティア船团和推进派也有联系，SMS小队也独立了出来。大家都推举アーニー作为UX的总指挥，接着浩一要告诉大家城崎天児所转达的人类的未来……