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-前言-
就在ブラックリベリオン发生的同时，同样作为反体制象征的ガンダム也被下达了歼灭命令。
ソレスタルビーイング以及为解放殖民卫星而被送到地球上的5台ガンダム，他们曾经都是和平维持理事会直属的特别国际救援队的成员。然而，在队伍解散后，他们的存在依然不能被体制所接受，并再度受到了追击。
国联军正在驱使搭载拟太阳炉的MS·GN-X在宇宙追剿ソレスタルビーイング。
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プロローグ ガンダム殲滅指令
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-战前剧情-
プトレマイオス正受到猛烈攻击，スメラギ等人已经脱出，但是リヒティ已经不行了，最后剩下的クリス选择与战舰共存亡。随后ラッセ指示刹那他们也立刻撤退，但是刹那他们3人还是决定战斗到最后，スメラギ等人只能先一步离开战场。
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前篇
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-战斗剧情-
战斗中，アレルヤ和ティエリア的机体先后受到重创而从战场上消失，然而敌人这边的增援依然是源源不绝，最后连刹那的机体也到达了限界……
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后篇
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-战斗剧情-
就在宇宙中ソレスタルビーイング被消灭的同时，殖民卫星的5台ガンダム也被AEU的特别部队OZ所包围了。
ヒイロ等人完全被包围了，现在他们唯有与OZ一战到底。可即使再次击退了ゼクス，OZ的增援还是杀了上来，レディ向ヒイロ等人宣告如果不投降他们就将使用导弹轰击殖民卫星。对此ゼクス和ノイン都表示异议，但レディ还是下令发射。此时ドクターJ突然发来通讯，他指示ヒイロ等人投降，但是这并不表示要把ガンダム交给OZ。听到这个后ヒイロ顿时理解了，他启动了机体的自爆……
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-战后剧情-
（地点：宇宙/殖民卫星C1013）
来到这里的ドーリアン听说了OZ以殖民卫星上的人要挟ガンダム投降的事情，现在正是与殖民卫星谈判加入地球联邦的关键时刻，他表示这不可理喻。然而OZ的士兵同时也将ドーリアン外交次官暗杀了，这样殖民卫星顿时就会陷入到不利的局面。可恰巧这一幕被ドーリアン的养女リリーナ给看见了。在危急时刻，名为リジェネ的人保护下了リリーナ。奄奄一息的ドーリアン请求リリーナ继承他们家的完全和平主义，并且努力改变这个世界。这时候ドクターJ也出现在这里，他要リリーナ赶快和他们一起离开。
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-后记-
之后就失去了殖民卫星ガンダム的消息，而给予他们指示的5人也分别被逮捕，于是他们这群人在地球上的反抗活动也完全沉寂了下来。此外，令人无法理解的ドーリアン外交次官暗杀事件的发生，令一度殖民卫星与地球方面出现曙光的谈判遭受到了巨大挫折。结果是在地球联邦诞生的同时，殖民卫星方面以承认不平等的地位为代价加入。当ガンダム消失在黑暗中以后，再也没有人来反对地球联邦的诞生了……
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