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－战前剧情－
蓝星上的同伴们来迎接翠星归来的部队，集中两边的兵力后拿下ラース・バビロン就有可能了。
（地点：帝都ラース・バビロン）
～帝都ラース・バビロン内～
尸空和バルビエル之间吵了起来，不过皇帝アウストラリス很快就来了，尸空和バルビエル要把两边的情报汇报给他。
（地点：暗礁宙域）
～マクロス・クォーター 演示室～
部队已经会合了，スズネ问ヒビキ去不去听大家交流情报。（选择：格納庫に行って、他の部隊の話を聞く/格納庫に行かない）
ヒビキ在努力摆脱扑克脸，スズネ的内心却感受到了某种寂寞……
～マクロス・クォーター 演示室～
マクロス・クォーター那边降落在了翠星上的残留之海，ガロード在那里和他们会合了。新世时空震动后ガロード一行就来到了ガルガンティア船团那里，目前船团里的ピニオン和エイミー也跟了过来，还有来自人类银河同盟的レド和チェインバー，他们是突然转移到残留之海的。人类银河同盟在银河系中心正和名为ヒディアーズ的宇宙生物作战，同时他们也是和サイデリアル敌对的。在离开残留之海后就遇到了勝平等人，他们是受到万丈的指示来协助我方的。接着就去攻打セントラル・ベース，但在那里遇到了バルビエル和他释放的蝎之毒，还好ロラン用纳米机械把蝎之毒分解掉了，バルビエル在那以后就离开了翠星加入了蓝星战场。另外还有フラタニティ这一行加入，他们都是被称为トップレス的超能力者，他们的世界也有バスターマシン和宇宙怪兽，不过跟大家所知道的类型并不相同。他们的世界还有宇宙军一起转移了过来，但他们与サイデリアル互不干涉，在暗中达成了默契。ニコラ表面上是要和我方一同战斗，但他也有着自己的任务。这边的ノノ是人造人，看上去完全和真人一样，她现在还是フラタニティ的见习生。ノノ崇敬的人是传说中バスターマシン机师ノノリリ，这名字听上去和ノリコ很像，或许等她们见面后就知道了，不过目前还不知道ノリコ在什么地方。
ネェル・アーガマ一行在分别后就与ソレスタルビーイング会合了，刹那那些人也都没事。ソレスタルビーイング那边带来了フロンタル当上新ジオン统帅的消息，之后他们一起来到了北美和新地球皇国交战。皇国没有去进攻宇宙殖民卫星，并且有和新ジオン联手的迹象。不过这次作战击败了ギュネイ、救出了チェーン和找回了νガンダム。コーラサーー根据カティ的指示来跟我方会合，联邦军内有被クロノ所控制，其中一部分是在协助皇国，不过カティ控制那部分还是在协助我方。但是在进攻北美的セントラル・ベース的时候被バルビエル击败，好在有ゼロ他们的及时赶到这才摆脱了蝎毒的影响。カレン几个回到新日本跟黑骑士团旧部组成了新日本义勇军，プリベンター那边也参加了进去，竜馬也在那边，ロジャー和キリコ本来就是黑骑士团的协助者，但那边最后还是因为バルビエル的攻击而失败了。バルビエル的スフィア能力能操纵人心中的憎恨，结果新日本的民众都憎恨起ゼロ来，为了让他们平息下来ゼロ只好再度使用了ギアス能力。目前新日本由藤堂指挥游击队进行抵抗，多少牵制了敌人的兵力。キラ他们则是要保护オードリー和リリーナ，但是リディ家把オードリー作为交换交给了アナハイム，マーサ目的是为了封印ラプラス盒，因为目的相同リディ家就和她合作了。サイデリアル出现在了オーブ，要求リリーナ她们立刻投降，为了让キラ他们有机会逃跑，カガリ几个只好同意请求，然后她们几个都落入了皇国手中。バナージ和リディ送ミネバ去了宇宙，之后他们遇到了ラー・カイラム和已经在船上的シャア。シャア一直在各殖民卫星里网罗反新ジオン的势力，クェス也是在这种情况下和我方一起行动。ナイジェル是ラー・カイラム的三连星之一，另两个负责保护ラー・カイラム。之后ラー・カイラム他们受到了マリーダ的攻击，她那时是クロノ控制下的联邦军成员，驾驶一台黑色的ユニコーンガンダム，在那场战斗中为了协助ジンネマン救出マリーダ，リディMIA了。事后シャア带着マリーダ以及ガランシュール队一起返回了殖民卫星那边。与此同时フロンタル宣布了新ジオン才是地球人类的正统继承者，并与新地球皇国构筑良好关系，在事实上投降了新地球皇国。因为调整者技术的关系，プラント也是赞同新ジオン的，ラクス被ザフト追击，レイ就任新的国防委员长。目前アスラン他们还在プラント，因此ラクス等人应该没有危险。此时ヒビキ见到了另一位スフィア拥有者，ランド和セツコ也见面了。不过话说アルト似乎不在这里，好象出了什么变故。
アルト梦见和シェリル、ランカ的感情出现危机，ランカ离他而去……
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