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－战斗剧情－
我方全部来到了一处异次元空间，现在一边是ミカゲ的神话型アクエリオン，另一边是ハーデス的ミケーネ大军，而他们两方也在争夺地球的控制权。此时甲児带着Z-BLUE们站了出来，只要有我方在，地球不是他们随便可以支配的。然而ミカゲ和奥林匹斯众神们完全看不起渺小的人类，为了展示一下力量，ミカゲ使用了无限拳，而且是先出拳头手腕才伸长，他已经能够颠倒因果。此时バサラ察觉出シェリル和ランカ的歌声被歪曲了，ミカゲ将シェリル和ランカ也带上了神话型アクエリオン，利用她们爱的两对三角关系和自己恨的三角作用成为自己的力量源泉。在这种艰难的时刻，ゼウス站了出来，他怒斥ミカゲ和ハーデス完全忘记了自己的使命，仅仅因为对力量的欲望和自己的感情来为所欲为，他们先进化者原本必须要指导那些后进化者，既然现在他们都忘了自己的使命在此大打出手那么ゼウス就将把这些邪神化的高位生命体送回冥府。有了ゼウス的支持，大家的士气更高涨了，今天就要和这群家伙们做个了结！
ガラダブラ最终被我方击败，他的勇者之名也就归我方继承，接下来就是要对付ハーデス了。然而ハーデス一怒就动摇了这里整个次元，此时ゼウス还在叫ハーデス认清人类的力量，他们还是应该回到宇宙专心对付バアル。ハーデス还是不相信人类的力量，他要获得地球上的オリジン・ロー，接着ハーデス就要发动力量将Z-BLUE全部陷于这片混沌空间。看到这个情况ゼウス上前抓住ハーデス，他不惜牺牲掉自己的希望之光永坠次元尽头的黑暗，因为这身希望之光已经有了继承者。ゼウス把自己的力量分给了マジンガーZ，而后自己消失了，次元的摇晃也停了下来。ハーデス嘲笑作为奥林匹斯3大神之一的ゼウス居然为人类牺牲了自己，然而マジンガーZ身上散发出了光芒，这就是ゼウス交给甲児的意志之力，真正的光之力量，我方也将在这道光芒的带领下全体力战到底。不过ハーデス又派出了机械兽们，但这些曾经的手下败将们也不过是群会动的废铁而已，他们阻止不了我方击败ハーデス的。
神话型アクエリオン的无限拳让我方疲于应付，变换为恨的爱意给予ミカゲ无尽的能量，现在到底要怎么才能救出ミコノ她们？此时アルト要上去发动他的翅膀，バサラ则为他高歌一曲。アルト迎着无限拳冲了上去并且华丽地躲开了攻击，之后他发动了フォールド波系统，将自己的声音传递给了シェリル和ランカ，虽然这原本应该是反过来用的，但是歌声就是思想，只要有强烈的感情对谁唱都是可以的，这也就是进化之道。此时大家给アルト出主意，如果结束了3人的三角关系那就没有恨了，アルト现在要给出一个结果。アルト让シェリル和ランカ歌唱起来，只要对自己有信心，只要想着那个人就不存在带有憎恨的感情了。随着シェリル和ランカ再度拾起信心，三角间的憎恨被打破了，两个人同时都爱着アルト。此时MIX被不動送了回来，原来她在寻找ミコノ的时候遇到了不動，并且在感受到アンディ的爱意后也变回了女人，シェリル和ランカ让MIX心中隐藏着的少女心苏醒，她现在主动要跟アンディ合体，于是不動指示换上アンディ和MIX。爱的感情转达给在现场的每一个人，ミカゲ的内心动摇了，无限拳的攻击停止了。
受到连续的攻击后，ミカゲ真的火了，他转移到另一边，并派出了一群ゴーストV9，这些机体是跟バジュラ在一起的，所以也一起被转移了过来，但是アルト不会输给这些东西，他直接冲到了ミカゲ的面前，这时候アルト听到了不動的声音，不動要他冲向神话型アクエリオン的胸部，果然在那里救出了シェリル和ランカ。接着クレア要求元素者替换，她亲自上去。クレア的能力是空间转移，一下子就杀到了神话型アクエリオン旁边，随后带回了アルト她们，于是ミカゲ的能力只剩下一半。
此时在神话型アクエリオン内部，カグラ在ミカゲ的内心迷宫里遇到了被困的ゼシカ，ゼシカ请求カグラ杀了自己，这样占有了她身体的ミカゲ也就无法行动。ゼシカ爱着アマタ，所以不想让他悲伤，因此决定牺牲自己。カグラ上去就动手了，然而一会时间他就放弃了，他认为ゼシカ不值得去为アマタ而死，他要ゼシカ一起去向ミカゲ算帐，听了カグラ的话后ゼシカ也重新燃起了斗志。
另一组三角关系也被破了，カグラ带着ゼシカ来到了外面，但是他们的位置非常危险，アマタ让クレア再度跳跃过去，要自己挡下ミカゲ的攻击，这时候不動又要元素者替换，他换上的是ユノハ，和ジン！ジン发动了空间切断能力挡下了ミカゲ的攻击。自那天起ジン就被不動藏了起来，骗过了ミカゲ的耳目，现在就是他开创自己未来的时候。然而ミカゲ手里还有ミコノ，复仇的婚礼之钟就要鸣响，此时カイエン眼前的画面出现了变化，那个与ミコノ结婚的人变成了ミカゲ，这就是他早先预知的真相。ミカゲ只要和ミコノ结合就能成为神，MIX和ユノハ主动要求替换ゼシカ和カグラ，但是カグラ可不想上敌人的机体，此时ジン亲身说法，カグラ终于坐上了アクエリオン，现在就剩下夺回ミコノ了。我方也都感受到这片热情，神话将揭开新的篇章。
ミカゲ失败后还想逃跑，对アポロニアス的爱与恨占据了他的心灵，此时ミコノ站了出来打算自己来向ミカゲ认错换取他内心的平静，想劝说ミカゲ帮助保护世界。但是这招对这个怨念集合体是不起作用的。アマタ表示这次无论如何不能失去ミコノ，一定要保卫住世界和所爱的ミコノ在一起，用自己的爱为神话写下结尾。アマタ超越了12000年的爱，アクエリオン再也不是EVOL而是LOVE！
アマタ和ミコノ交会了，两人的心灵完全融合在一起……
ミカゲ完全失败了，但是他还企图翻身，此时不動出现在他面前，原来不動才是真正的アポロニアス，他收下了ミカゲ的憎恨……
神话型アクエリオン恢复本来的样子回到了自己所在的空间，アマタ让ミコノ也回到マクロス・クォーター，但是ミコノ表示一定要跟アマタ一起战斗下去。
ハーデス最终被击败，但是他说以人类的力量是无法突破时狱的，而且就算破了面对的也将是バアル以及根源的灾害。这么看来根源的灾害并不是バアル，此外还有12000年轮回的宿命。12000年是宇宙生长与毁灭的周期，到那时候バアル就会为了消灭宇宙里的生命而大量产生，在接触到宇宙的真理前人类一定会遇到巨大挑战。虽然这次击败了ハーデス，然而他是不灭不死的存在，总有一天他会与冥府之力一起回来的。
最终大家艰难地战胜了两边敌人，现在的问题是大家要怎么从这片异空间回去。ゼウス留下话中说过希望会从光中诞生，于是號让甲児再度呼唤ゼウス。然而现在要怎么做才能再度召唤来ゼウス的意志呢？这时候AG让甲児回来マクロス・クォーター，使用Z碎片增强精神力或许是一种方法。AG在パイルダー上安放了Z碎片的装置，刹那也放出GN粒子，シェリル和ランカ也唱出超越次元的歌声，在大家的支援下甲児终于成功唤醒了ゼウス的意志。虽然将ゼウス从永恒的黑暗中拉了回来，但他已经不具备神力了，不过还是有力量将大家送回原来的世界。
不動和カヲル看着这一切，カヲル感谢不動，但并不是为了ジン，而是因为他放弃不干涉主义出手。人类的抗争命运还没有结束，他们以后一定会再度与我方见面的。
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