故事是从马尼斯坦共和国的内战开始的。联合国安理会各国由于自身利益的考虑而无法达成一致，最终未能向饱受战火摧残的贾斯罗西市派遣维和部队。于是在那里的人民面临生命威胁的时候，秘银部队宛如神兵天降一般救了他们……

镜头又转到另一个战乱国家巴立克，政府军的马勒斯上校下令屠杀所有的异教徒，又是在秘银的干预下这些人的生命才得以保全。不过这次却出现了严峻的问题，敌人拥有可以跟踪ECS的地对空导弹，秘银部队无法顺利撤离。在这个时候又是宗介挺身而出，驾驶强弩兵单机摧毁了敌人的防空导弹阵地。队员们安全撤退，而宗介却被敌人团团包围。千钧一发的时刻泰莎指挥潜艇丹娜亲自接下了宗介，同时也将敌人的阵地炸成一片火海。

秘银就是这样一次又一次的执行特殊的救援任务，而身兼双重使命的宗介也得在学生与军人之间来回转换身份。这回脱险的宗介还要面对学校考试，他再不及格就要被退学。不过回到学校他还是一样的闯祸，为了对付偷拍小要的植草同学，宗介将整个学校的电子设备都烧毁了。然而正准备全力应付考试的宗介很快就接到了新任务，不得以又要错过一次数学考试。

正在谈判的中的南北中国代表遭到不明武装人员的绑架，秘银的任务是进入敌人占据的南京长江隧道去营救人质，因为隧道内部无线电传播不畅，秘银特别请情报部的布鲁诺给予技术上的支持。但一开始任何人都没想到，这一切竟然是个圈套，布鲁诺早已被收买，而幕后的敌人正是秘银的老对手汞合金。这次执行消灭强弩兵任务的干部叫做盖茨，是个十足的疯子。秘银部队不仅在正面遭到敌人AS的追击，在人质中也有潜入的夏玉芳，加上隧道地形复杂，通讯又被布鲁诺掐断，宗介他们的作战小队立刻陷入从未面临过的严重危机中。

宗介他们在付出几条人命的代价后，勉强冲出了包围圈。但由于他们的动作随时处于布鲁诺的监视之中，一时也无法摆脱不利状态。这个时候作战会议时托尼的一句戏言“所有克利特人都说谎”，成为了解决问题的关键，因为布鲁诺并不知道这句话的代表什么。而宗介他们就像会议时候所说的那样完全按照指令相反的效果来行事，这下布鲁诺完全不知道要如何去了解他们的行动。终于，盖茨他们被调动到了秘银的包围圈中。一阵饱和火力攻击后，其他汞合金部队全灭，而盖茨依靠λ驱动器躲过攻击，并炸开隧道逃之夭夭。

秘银虽然大部脱出并救出了人质，但仍然损失惨重。布鲁诺在调查人员到来之前已经逃跑，被意大利黑手党所庇护。毛和克鲁兹成功潜入那里，并带出布鲁诺，但在最后一刻还是被黑手党发现，好在宗介放弃考试来意大利救下他们。一阵追车大战后打退了黑手党，然而却又出现了汞合金的AS，以一辆破车对抗AS完全没有胜算，就这个时候一架从未见过的M9击退了敌人，他们三人才得以安全返回……

然而事件并没有就此结束，这次的行动给泰莎带来了很大的刺激，外加来自情报部的压力，她决定从小要身边撤回宗介，将小要的保卫任务移交给代号为“Wraith”的情报部人员。宗介对此极为不满，好不容易通过补考的他不得不退学，此刻他心中有着说不出的失落感。加上仍无法随意操纵λ驱动器，宗介对自己的能力产生了迷茫。即使是在与新上司库鲁佐的一战后也没有找回一点过去的感觉，那个曾经唯命是从的军事白痴开始在抗命与服从中挣扎。

同时，盖茨这边也出了点问题，一直与他合作的夏玉芳、夏玉兰姐妹因为找到了小要的所在而私自架机离开。这样小要就处于了极端危险之中，失去了宗介保护的她，利用自己的智慧最终见到了那位“Wraith”，但是却没有料到夏玉芳的突然出现。最终小要电倒了玉兰，就在这个时候有着与泰莎一般灰发的雷纳德突然出现，不过他表示现在并不想要和小要为敌，随后他的手下杀死了企图再起的玉兰。一番对话后小要知道了宗介现在的处境，为此她向“Wraith”要求前往香港。

此时的香港的南北中国军队在夏玉芳的挑拨下已经处于非常紧张的状态，交战一触即发。秘银奉命解决这个问题，可在这个节骨眼上一直低沉的宗介突然选择放弃任务。后来在玉芳的布置下，宗介见到了已成为废人的九龙，在那里他得知玉芳和玉兰都是他的弟子，她们是为了要向宗介和小要复仇才进行了这些行动，此刻恐怕小要已经被玉兰所杀。说到这里，愤怒的宗介开枪打死了九龙，结束了与他的孽缘……

可是，香港的危机并没有过去，还在四处破坏的玉芳被前来的盖茨所杀，而后这个狂人把目标对准了在场的秘银部队。另一边，宗介原本以为不会再见到的小要突然出现在他面前，这份惊喜还来不及表达出来的他随即就被小要一顿日常式的臭骂。这一来宗介以前的信心突然又恢复了，他驾驶强弩兵连破盖茨的四个手下，最终把这个疯子打成了碎片。

最后一切似乎又恢复了正常，宗介依然是学校中最大的活宝，只是经过这些事情后宗介和小要都意识到日后还有很长的路要走……