在从现代起的不久的将来，人类制定了新的纪年法“星纪历”，随后生活了将近100年。从旧世纪开始发展的科学技术达到了新的高度，人类可以在宇宙城市中生活，任何人都对地球的未来充满了希望。可是，就在那个时候地球卷入了漫长的战乱之中。
　　在50年前女王妃魅禍统率的邪魔大王国出现，十几年后葵竜也博士当初所警告的拟态兽在世界各地发动袭击，伴随着他们的是一系列奇怪的失踪事件，人类在肉眼所见的危机面前产生了严重的猜疑心。之后的几十年间，通过基因调整所诞生的CO急切想改变自己受到自然人歧视的现状。
　　在50年前和邪魔大王国战斗中，突然出现的结界ZONE将邪魔大王国和整个九州岛给封印了起来。拟态兽则在5年前的“巨神战争”中被彻底消灭。各大城市随后开始了复兴，大家都认为世界恢复了和平。然而就在这个时候，本来就处于崩弦边缘的自然人和CO之间的关系进一步恶化。双方所掌握的军队地球联合军和ザフト发生了战争，在这个节骨眼上一直计划要征服世界的邪恶科学家Dr.ヘル也出动了，这场战争进行了2年后在主导者纷纷倒下的情况下暂告段落。
　　战争结束半年后的星纪历105年……在治愈战争造成的创伤中，人类为了握住这来之不易的和平而努力着，度过了这段平稳而又重要的时间。而迫在眼前的新恐怖现在还没有人能发现……